ha-rgb con DSLR

Pues a ver si alguien me puede ayudar.
Llevo un par de semanas investigando para combinar tomas ha con rgb desde mi DSLR modificada, pero tengo un lio monumental.
No me queda claro si tengo que procesarlas por separado y luego combianrlas. Extraer canales y luego combinarlos. O meter todas las tomas con sus flats, darks, etc en astropixelprocessor y que me haga el batido.
He intentado varias formas pero no hay manera de que salga algo decente.
Gracias.